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#!/usr/bin/env nextflow
/*
Copyright (C) 2019-2021 Patrick Hüther
This file is part of ARADEEPOPSIS.
ARADEEPOPSIS is free software: you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU General Public License as published by
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
(at your option) any later version.
ARADEEPOPSIS is distributed in the hope that it will be useful,
but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
GNU General Public License for more details.
You should have received a copy of the GNU General Public License
along with ARADEEPOPSIS. If not, see <https://www.gnu.org/licenses/>.
*/
/*
========================================================================================
a r a D e e p o p s i s
========================================================================================
Nextflow pipeline to run semantic segmentation on plant rosette images with deepLab V3+
#### Author
Patrick Hüther <[email protected]>
----------------------------------------------------------------------------------------
*/
log.info """
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############ ##################### ##############################
############ ############## #############################
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┴ ┴┴└─┴ ┴═╩╝╚═╝╚═╝╩ └─┘┴ └─┘┴└─┘
"""
// validate parameters
ParameterChecks.checkParams(params)
log.info """
=================================================================================
Current user : $USER
Current path : $PWD
Pipeline directory : $projectDir
Working directory : $workDir
Current profile : ${workflow.profile}
Pipeline parameters
=========================
--model : ${params.masks ? '-' : params.model}
--outdir : ${params.outdir}
--images : ${params.images}
--chunksize : ${params.chunksize}
--shiny : ${params.shiny}
--multiscale : ${params.masks || params.model == 'DPP' ? '-' : params.multiscale}
--ignore_senescence : ${params.masks || params.model == 'A' ? "-" : params.ignore_senescence}
--summary_diagnostics : ${params.summary_diagnostics}
--save_mask : ${params.save_mask}
--save_overlay : ${params.save_overlay}
--save_rosette : ${params.save_rosette}
--save_overlay : ${params.save_hull}
--masks : ${params.masks}
--dpp_checkpoint : ${params.model == 'DPP' ? params.dpp_checkpoint : '-'}
--ignore_label : ${params.model in ['A','B','C'] ? "-" : params.ignore_label}
--label_spec : ${params.label_spec ? params.label_spec : '-'}
=================================================================================
""".stripIndent()
include { ARADEEPOPSIS } from './workflows/aradeepopsis'
workflow {
ARADEEPOPSIS()
}