TCGA数据集下载问题

[Raymvp]

感谢您在本领域做出的工作！
我发现用GDC Data Transfer Tool下载TCGA数据速度很慢而且不稳定，我想请问您是否有更好的下载TCGA数据集的方法？
此外，非常感谢您对TCGA BRCA做的数据split，我想请问您是如何得到这个数据split的？因为我还需要split tcga其他癌症的数据。
谢谢！

[Raymvp]

第一个问题我已经解决，在windows上下的很慢，在ubuntu服务器上下载很快。第二个问题仍然存在，在复现很多工作的时候，获得person、slide、censored or not、survival time 这样的csv文件很困难，刘博士有什么好的经验吗

[liupei101]

谢谢关注。一般都是需要写一些代码配合处理的。

对于TCGA。下载数据集时，TCGA也提供了相关的label信息，比如gdc_sample_sheet.tsv和临床数据表格，最终需要手动（辅助一些codes）完成最后的信息收集。

对于其他数据集。大多数情况下，他们提供的label相关的数据，格式都不尽统一，难以统一到一个通用的流程中，需要针对特定的数据格式写一些代码，得到最后的label表格。