From afee844b1b997b65c4ad1b740df526acb0a933a7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Thu, 11 Jul 2024 15:20:36 +0200 Subject: [PATCH 1/7] use nextclade dataset for genome alignment --- workflow/snakemake_rules/core.smk | 19 ++++++++++++++++--- 1 file changed, 16 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/workflow/snakemake_rules/core.smk b/workflow/snakemake_rules/core.smk index 9a6fe19..eb0fa7c 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/core.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/core.smk @@ -41,7 +41,6 @@ rule newreference: --gene {params.gene} """ - rule filter: message: """ @@ -75,6 +74,20 @@ rule filter: --query '{params.min_coverage}' """ +rule get_nextclade_dataset: + message: + """ + fetching nextclade dataset + """ + output: + dataset="nextclade_rsv-{a_or_b}.zip" + params: + ds_name = lambda w: "nextstrain/rsv/a/EPI_ISL_412866" if w.a_or_b=='a' else "nextstrain/rsv/b/EPI_ISL_1653999" + shell: + """ + nextclade3 dataset get -n {params.ds_name} --output-zip {output.dataset} + """ + rule genome_align: message: """ @@ -82,14 +95,14 @@ rule genome_align: """ input: sequences = rules.filter.output.sequences, - reference = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/genome_reference.fasta" + reference = rule.get_nextclade_dataset.dataset output: alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/sequences.aligned.fasta" threads: 4 shell: """ nextclade3 run -j {threads}\ - --input-ref {input.reference} \ + -D {input.dataset} \ --output-fasta {output.alignment} \ {input.sequences} """ From 01e700ab96a7dfb9789a1246f1d0ed0c7f3f9b1b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 13:42:37 +0200 Subject: [PATCH 2/7] add resolutions to nextstrain builds --- Snakefile | 5 +- config/configfile.yaml | 17 +++- config/outliers.txt | 7 ++ workflow/snakemake_rules/clades.smk | 12 +-- workflow/snakemake_rules/core.smk | 110 +++++++++++++++------ workflow/snakemake_rules/export.smk | 12 +-- workflow/snakemake_rules/glycosylation.smk | 4 +- 7 files changed, 121 insertions(+), 46 deletions(-) diff --git a/Snakefile b/Snakefile index 7f703e3..e2997f9 100644 --- a/Snakefile +++ b/Snakefile @@ -8,9 +8,10 @@ auspice_dir = 'auspice' rule all: input: - expand("auspice/rsv_{subtype}_{build}.json", + expand("auspice/rsv_{subtype}_{build}_{resolution}.json", subtype = config.get("subtypes",['a']), - build = config.get("buildstorun", ['genome'])), + build = config.get("builds_to_run", ['genome']), + resolution = config.get("resolutions_to_run", ["all-time"])), include: "workflow/snakemake_rules/chores.smk" diff --git a/config/configfile.yaml b/config/configfile.yaml index 0241396..9cbbe2f 100644 --- a/config/configfile.yaml +++ b/config/configfile.yaml @@ -2,7 +2,9 @@ conda_environment: "workflow/envs/nextstrain.yaml" genesforglycosylation: ["G", "F"] -buildstorun: ["genome", "G", "F"] +builds_to_run: ["genome", "G", "F"] + +resolutions_to_run: ["all-time", "6y"] exclude: "config/outliers.txt" @@ -20,8 +22,19 @@ filter: G: 0.3 F: 0.3 + min_length: + genome: 10000 + G: 600 + F: 1200 + resolutions: + all-time: + min_date: 100Y + 6y: + min_date: 6Y + background_min_date: 100Y + subsample_max_sequences: - genome: 2000 + genome: 3000 G: 3000 F: 3000 diff --git a/config/outliers.txt b/config/outliers.txt index 6b1b0d2..1f84677 100644 --- a/config/outliers.txt +++ b/config/outliers.txt @@ -2,8 +2,15 @@ MW455133 # over diverged/misdated OK649675 # over diverged/misdated +KP317955 +JX661581 +OR140548 + # B JX489420 # over diverged/misdated KF246645 KF246646 +MF426028 +KJ672473 +OR326815 diff --git a/workflow/snakemake_rules/clades.smk b/workflow/snakemake_rules/clades.smk index 0273b16..10e04a1 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/clades.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/clades.smk @@ -7,9 +7,9 @@ rule clades_genome: nuc_muts = rules.ancestral.output.node_data, clades = "config/clades_genome_{a_or_b}.tsv" output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/clades_genome.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/clades_genome.json" log: - "logs/{a_or_b}/clades_genome_{build_name}.txt" + "logs/{a_or_b}/clades_genome_{build_name}_{resolution}.txt" shell: """ augur clades --tree {input.tree} \ @@ -29,9 +29,9 @@ rule clades_Goya: nuc_muts = rules.ancestral.output.node_data, clades = "config/clades_G_{a_or_b}.tsv" output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/clades_G.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/clades_G.json" log: - "logs/{a_or_b}/clades_{build_name}.txt" + "logs/{a_or_b}/clades_{build_name}_{resolution}.txt" shell: """ augur clades --tree {input.tree} \ @@ -50,9 +50,9 @@ rule clades_consortium: nuc_muts = rules.ancestral.output.node_data, clades = "config/clades_consortium_{a_or_b}.tsv" output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/clades_consortium.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/clades_consortium.json" log: - "logs/{a_or_b}/clades_{build_name}.txt" + "logs/{a_or_b}/clades_{build_name}_{resolution}.txt" shell: """ augur clades --tree {input.tree} \ diff --git a/workflow/snakemake_rules/core.smk b/workflow/snakemake_rules/core.smk index eb0fa7c..759d83d 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/core.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/core.smk @@ -12,7 +12,7 @@ rule index_sequences: input: sequences = "data/{a_or_b}/sequences.fasta" output: - sequence_index = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/sequence_index.tsv" + sequence_index = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/sequence_index.tsv" shell: """ augur index \ @@ -28,8 +28,8 @@ rule newreference: input: oldreference = "config/{a_or_b}reference.gbk" output: - newreferencegbk = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{gene}_reference.gbk", - newreferencefasta = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{gene}_reference.fasta", + newreferencegbk = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{gene}_reference.gbk", + newreferencefasta = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{gene}_reference.fasta", params: gene = lambda w: w.gene, shell: @@ -41,7 +41,7 @@ rule newreference: --gene {params.gene} """ -rule filter: +rule filter_recent: message: """ filtering sequences @@ -53,12 +53,14 @@ rule filter: sequence_index = rules.index_sequences.output, exclude = config['exclude'] output: - sequences = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/filtered.fasta" + sequences = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/filtered_recent.fasta" params: group_by = config["filter"]["group_by"], min_coverage = lambda w: f'{w.build_name}_coverage>{config["filter"]["min_coverage"].get(w.build_name, 10000)}', + min_length = lambda w: config["filter"]["min_length"].get(w.build_name, 10000), subsample_max_sequences = lambda w: config["filter"]["subsample_max_sequences"].get(w.build_name, 1000), strain_id=config["strain_id_field"], + min_date=lambda w: config['filter']['resolutions'][w.resolution]["min_date"] shell: """ augur filter \ @@ -67,13 +69,64 @@ rule filter: --metadata {input.metadata} \ --metadata-id-columns {params.strain_id} \ --exclude {input.exclude} \ - --exclude-where 'qc.overallStatus=bad' \ + --exclude-where 'qc.overallStatus=bad' 'qc.overallStatus=mediocre' \ + --min-date {params.min_date} \ + --min-length {params.min_length} \ --output {output.sequences} \ --group-by {params.group_by} \ --subsample-max-sequences {params.subsample_max_sequences} \ --query '{params.min_coverage}' """ +rule filter_background: + message: + """ + filtering sequences + """ + input: + sequences = "data/{a_or_b}/sequences.fasta", + reference = "config/{a_or_b}reference.gbk", + metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv", + sequence_index = rules.index_sequences.output, + exclude = config['exclude'] + output: + sequences = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/filtered_background.fasta" + params: + group_by = config["filter"]["group_by"], + min_coverage = lambda w: f'{w.build_name}_coverage>{config["filter"]["min_coverage"].get(w.build_name, 10000)}', + min_length = lambda w: config["filter"]["min_length"].get(w.build_name, 10000), + subsample_max_sequences = lambda w: int(config["filter"]["subsample_max_sequences"].get(w.build_name, 1000))//10, + strain_id=config["strain_id_field"], + max_date=lambda w: config['filter']['resolutions'][w.resolution]["min_date"], + min_date=lambda w: config['filter']['resolutions'][w.resolution]["background_min_date"] + shell: + """ + augur filter \ + --sequences {input.sequences} \ + --sequence-index {input.sequence_index} \ + --metadata {input.metadata} \ + --metadata-id-columns {params.strain_id} \ + --exclude {input.exclude} \ + --exclude-where 'qc.overallStatus=bad' 'qc.overallStatus=mediocre' \ + --min-date {params.min_date} \ + --max-date {params.max_date} \ + --min-length {params.min_length} \ + --output {output.sequences} \ + --group-by {params.group_by} \ + --subsample-max-sequences {params.subsample_max_sequences} \ + --query '{params.min_coverage}' + """ + +rule combine_samples: + input: + subsamples = lambda w: [rules.filter_recent.output.sequences, rules.filter_background.output.sequences] if 'background_min_date' in config['filter']['resolutions'][w.resolution] else [rules.filter_recent.output.sequences] + output: + sequences = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/filtered.fasta" + shell: + """ + cat {input.subsamples} | seqkit rmdup > {output} + """ + rule get_nextclade_dataset: message: """ @@ -91,13 +144,13 @@ rule get_nextclade_dataset: rule genome_align: message: """ - Aligning sequences to {input.reference} + Aligning sequences to the reference """ input: - sequences = rules.filter.output.sequences, - reference = rule.get_nextclade_dataset.dataset + sequences = rules.combine_samples.output.sequences, + dataset = rules.get_nextclade_dataset.output.dataset output: - alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/sequences.aligned.fasta" + alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/sequences.aligned.fasta" threads: 4 shell: """ @@ -113,7 +166,7 @@ rule cut: oldalignment = rules.genome_align.output.alignment, reference = "config/{a_or_b}reference.gbk" output: - slicedalignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{gene}_slicedalignment.fasta" + slicedalignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{gene}_slicedalignment.fasta" params: gene = lambda w: w.gene shell: @@ -129,9 +182,9 @@ rule cut: rule realign: input: slicedalignment = rules.cut.output.slicedalignment, - reference = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{gene}_reference.fasta" + reference = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{gene}_reference.fasta" output: - realigned = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{gene}_aligned.fasta" + realigned = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{gene}_aligned.fasta" threads: 4 shell: """ @@ -145,10 +198,10 @@ rule realign: rule hybrid_align: input: original = rules.genome_align.output.alignment, - G_alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/G_aligned.fasta", + G_alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/G_aligned.fasta", reference = "config/{a_or_b}reference.gbk" output: - hybrid_alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/hybrid_alignment.fasta" + hybrid_alignment = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/hybrid_alignment.fasta" params: gene = lambda w: w.build_name shell: @@ -165,20 +218,21 @@ def get_alignment(w): if w.build_name == "genome": return rules.hybrid_align.output.hybrid_alignment else: - return build_dir + f"/{w.a_or_b}/{w.build_name}/{w.build_name}_aligned.fasta" + return build_dir + f"/{w.a_or_b}/{w.build_name}/{w.resolution}/{w.build_name}_aligned.fasta" rule tree: message: "Building tree" input: alignment = get_alignment output: - tree = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/tree_raw.nwk" + tree = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/tree_raw.nwk" threads: 4 shell: """ augur tree \ --alignment {input.alignment} \ --output {output.tree} \ + --tree-builder-args '-ninit 10 -n 4 -czb' \ --nthreads {threads} """ @@ -193,10 +247,10 @@ rule refine: input: tree = rules.tree.output.tree, alignment =get_alignment, - metadata = rules.filter.input.metadata + metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv" output: - tree = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/tree.nwk", - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/branch_lengths.json" + tree = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/tree.nwk", + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/branch_lengths.json" params: coalescent = config["refine"]["coalescent"], clock_filter_iqd = config["refine"]["clock_filter_iqd"], @@ -228,9 +282,9 @@ rule ancestral: input: tree = rules.refine.output.tree, alignment = get_alignment, - root_sequence = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{build_name}_reference.gbk" + root_sequence = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{build_name}_reference.gbk" output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/nt_muts.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/nt_muts.json" params: inference = config["ancestral"]["inference"] shell: @@ -248,11 +302,11 @@ rule translate: input: tree = rules.refine.output.tree, node_data = rules.ancestral.output.node_data, - reference = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{build_name}_reference.gbk", + reference = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/{build_name}_reference.gbk", output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/aa_muts.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/aa_muts.json" params: - alignment_file_mask = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/aligned_%GENE.fasta" + alignment_file_mask = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/aligned_%GENE.fasta" shell: """ augur translate \ @@ -266,11 +320,11 @@ rule translate: rule traits: input: tree = rules.refine.output.tree, - metadata = rules.filter.input.metadata + metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv" output: - node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/traits.json" + node_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/traits.json" log: - "logs/{a_or_b}/traits_{build_name}_rsv.txt" + "logs/{a_or_b}/traits_{build_name}_{resolution}_rsv.txt" params: columns = config["traits"]["columns"], strain_id=config["strain_id_field"], diff --git a/workflow/snakemake_rules/export.smk b/workflow/snakemake_rules/export.smk index 657f608..7ac416a 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/export.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/export.smk @@ -16,7 +16,7 @@ rule colors: color_orderings = "config/color_orderings.tsv", metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv", output: - colors = "results/{a_or_b}/{build_name}/colors.tsv" + colors = "results/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/colors.tsv" shell: """ python scripts/assign-colors.py \ @@ -30,13 +30,13 @@ rule export: message: "Exporting data files for auspice" input: tree = rules.refine.output.tree, - metadata = rules.filter.input.metadata, + metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv", node_data = get_node_data, colors = rules.colors.output.colors, auspice_config = config["files"]["auspice_config"], description = config["description"] output: - auspice_json = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/tree.json" + auspice_json = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/tree.json" params: title = lambda w: f"RSV-{w.a_or_b.upper()} phylogeny", strain_id=config["strain_id_field"], @@ -59,9 +59,9 @@ rule export: rule final_strain_name: input: auspice_json= rules.export.output.auspice_json, - metadata = rules.filter.input.metadata, + metadata = "data/{a_or_b}/metadata.tsv", output: - auspice_json=build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/tree_renamed.json" + auspice_json=build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/tree_renamed.json" params: strain_id=config["strain_id_field"], display_strain_field=config.get("display_strain_field", "strain"), @@ -80,7 +80,7 @@ rule rename_and_ready_for_nextclade: auspice_json= rules.final_strain_name.output.auspice_json, pathogen_json= "nextclade/config/pathogen.json" output: - auspice_json= "auspice/rsv_{a_or_b}_{build_name}.json" + auspice_json= "auspice/rsv_{a_or_b}_{build_name}_{resolution}.json" params: accession= lambda w: config["nextclade_attributes"][w.a_or_b]["accession"], name= lambda w: config["nextclade_attributes"][w.a_or_b]["name"], diff --git a/workflow/snakemake_rules/glycosylation.smk b/workflow/snakemake_rules/glycosylation.smk index 502e563..599e20a 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/glycosylation.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/glycosylation.smk @@ -3,9 +3,9 @@ rule glycosylation: tree = rules.refine.output.tree, translations = rules.translate.output.node_data output: - glycosylations = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/glyc.json" + glycosylations = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/glyc.json" params: - aa_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/aligned_{build_name}.fasta" + aa_data = build_dir + "/{a_or_b}/{build_name}/{resolution}/aligned_{build_name}.fasta" shell: """ python scripts/glycosylation.py \ From 92947310f223975ba9747a42ff835d93e86a7b1b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 13:43:07 +0200 Subject: [PATCH 3/7] add 3y resolution --- config/configfile.yaml | 3 +++ 1 file changed, 3 insertions(+) diff --git a/config/configfile.yaml b/config/configfile.yaml index 9cbbe2f..9c787dd 100644 --- a/config/configfile.yaml +++ b/config/configfile.yaml @@ -32,6 +32,9 @@ filter: 6y: min_date: 6Y background_min_date: 100Y + 3y: + min_date: 3Y + background_min_date: 100Y subsample_max_sequences: genome: 3000 From a935e609873900217c08f82701845d498acc895e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 14:58:40 +0200 Subject: [PATCH 4/7] nextclade: add known stop codon --- nextclade/config/pathogen.json | 5 ++++- 1 file changed, 4 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/nextclade/config/pathogen.json b/nextclade/config/pathogen.json index fa93858..36a3554 100644 --- a/nextclade/config/pathogen.json +++ b/nextclade/config/pathogen.json @@ -50,7 +50,10 @@ }, "stopCodons": { "enabled": true, - "ignoredStopCodons": [] + "ignoredStopCodons": [{ + "codon":320, + "cdsName":"G" + }] } }, "cdsOrderPreference": [ From 517632f564e665a090978761ffb23cb09e1692fb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 14:58:58 +0200 Subject: [PATCH 5/7] include mediocre genomes for now --- workflow/snakemake_rules/core.smk | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/workflow/snakemake_rules/core.smk b/workflow/snakemake_rules/core.smk index 759d83d..99dc748 100644 --- a/workflow/snakemake_rules/core.smk +++ b/workflow/snakemake_rules/core.smk @@ -69,7 +69,7 @@ rule filter_recent: --metadata {input.metadata} \ --metadata-id-columns {params.strain_id} \ --exclude {input.exclude} \ - --exclude-where 'qc.overallStatus=bad' 'qc.overallStatus=mediocre' \ + --exclude-where 'qc.overallStatus=bad' \ --min-date {params.min_date} \ --min-length {params.min_length} \ --output {output.sequences} \ From 2d488a77e7208f334cd0ddc774745434581d5c1d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 15:00:40 +0200 Subject: [PATCH 6/7] include 3y build --- config/configfile.yaml | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/config/configfile.yaml b/config/configfile.yaml index 9c787dd..7cb3d67 100644 --- a/config/configfile.yaml +++ b/config/configfile.yaml @@ -4,7 +4,7 @@ genesforglycosylation: ["G", "F"] builds_to_run: ["genome", "G", "F"] -resolutions_to_run: ["all-time", "6y"] +resolutions_to_run: ["all-time", "6y", "3y"] exclude: "config/outliers.txt" From 13601751a00db586843f9ba624b38a1da2ce6147 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Richard Neher Date: Fri, 12 Jul 2024 22:18:56 +0200 Subject: [PATCH 7/7] update example data --- example_data/a/metadata.tsv | 150 +- example_data/a/sequences.fasta | 25290 +++++++++++++++++++++++++++---- example_data/b/metadata.tsv | 143 +- example_data/b/sequences.fasta | 24749 ++++++++++++++++++++++++++---- 4 files changed, 43631 insertions(+), 6701 deletions(-) diff --git a/example_data/a/metadata.tsv b/example_data/a/metadata.tsv index 2dc979f..212dca7 100644 --- a/example_data/a/metadata.tsv +++ b/example_data/a/metadata.tsv @@ -1,60 +1,90 @@ -accession genbank_accession_rev strain date region country division location host date_submitted sra_accession abbr_authors reverse authors institution F_coverage G_coverage genome_coverage -KU316157 KU316157.1 KU316157 1979-XX-XX North America USA Rochester Ny Homo sapiens 2016-01-30 Das et al Das,S.R., Halpin,R.A., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hall,C.B., Tesini,B.L., Schnabel,K.C., Walsh,E.E., Caserta,M. 1.0 1.0 0.985 -KU316138 KU316138.1 KU316138 1987-XX-XX North America USA Rochester Ny 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2018-02-21 Ogunsemowo et al Ogunsemowo,O., Olaleye,D.O., Odaibo,G.N., Ogunsemowo,O.S. 0.0 0.27 0.017 -OQ276401 OQ276401.1 A_TX_2028_2016_21 2016-02-03 North America USA Texas Homo sapiens 2023-03-05 Wilkins et al Wilkins,D., Langedijk,A.C., Lebbink,R.J., Morehouse,C.A., Abram,M.E., Ahani,B., Aksyuk,A.A., Baraldi,E., Brady,T., Chen,A.T., Chi,H., Choi,E.H., Cohen,R., Danilenko,D.M., Gopalakrishnan,V., Greenough,A., Heikkinen,T., Hosoya,M., Keller,C., Kelly,E.J., Kragten-Tabatabaie,L., Martinon-Torres,F., Mascarenas-de Los Santos,A.H., Nunes,M.C., Palomino,M.A., Papenburg,J., Pernica,J.M., Richmond,P., Stein,R.T., Tuffy,K.M., Verwey,C., Esser,M.T., Tabor,D.E., Bont,L.J. 1.0 0.0 0.114 -MH687110 MH687110.1 RSVA/Lebanon/16LB16/2017 2017-XX-XX Asia Lebanon Homo sapiens 2019-01-01 Abou-El-Hassan et al Abou-El-Hassan,H., Zaraket,H. 0.08 0.0 0.009 -MN068343 MN068343.1 8133 2018-XX-XX Africa Tunisia Homo sapiens 2020-06-30 Ataoui et al Ataoui,I., Jerbi,A., BenHamida-Rebai,M., Ben Hadj Fredj,M., Fodha,I., Bennour,H., Hammouda,H., Khlifa,M., Brini,I., Boussoffara,R., Boussetta,K., Abroug,S., Trabelsi,A. 0.0 0.27 0.017 -OQ261747 OQ261747.1 hRSV/A/Austria/MUW1228283/2020 2020-02-28 Europe Austria Homo sapiens 2023-02-19 Redlberger-Fritz et al Redlberger-Fritz,M., Springer,D.N., Aberle,S.W., Camp,J.V., Aberle,J.H. 1.0 1.0 0.994 -LC712486 LC712486.1 Fukushima/RSVA/H-775/2020 2020-01-14 Asia Japan Fukushima Homo sapiens 2023-02-02 Ono et al Ono,T., Hashimoto,K., Norito,S., Kume,Y., Chishiki,M., Okabe,H., Sato,M., Aso,J., Sada,M., Mochizuki,I., Mashiyama,F., Ishibashi,N., Suziki,S., Sakuma,H., Takeda,M., Shirato,K., Kimura,H., Hosoya,M., Chisiki,M. 0.0 0.27 0.017 -OQ275988 OQ275988.1 520103021 2020-09-02 North America Mexico Homo sapiens 2023-03-05 Wilkins et al Wilkins,D., Langedijk,A.C., Lebbink,R.J., Morehouse,C.A., Abram,M.E., Ahani,B., Aksyuk,A.A., Baraldi,E., Brady,T., Chen,A.T., Chi,H., Choi,E.H., Cohen,R., Danilenko,D.M., Gopalakrishnan,V., Greenough,A., Heikkinen,T., Hosoya,M., Keller,C., Kelly,E.J., Kragten-Tabatabaie,L., Martinon-Torres,F., Mascarenas-de Los Santos,A.H., Nunes,M.C., Palomino,M.A., Papenburg,J., Pernica,J.M., Richmond,P., Stein,R.T., Tuffy,K.M., Verwey,C., Esser,M.T., Tabor,D.E., Bont,L.J. 1.0 0.0 0.114 -OQ276183 OQ276183.1 270104034 2021-02-21 Africa South Africa Homo sapiens 2023-03-05 Wilkins et al Wilkins,D., Langedijk,A.C., Lebbink,R.J., Morehouse,C.A., Abram,M.E., Ahani,B., Aksyuk,A.A., Baraldi,E., Brady,T., Chen,A.T., Chi,H., Choi,E.H., Cohen,R., Danilenko,D.M., Gopalakrishnan,V., Greenough,A., Heikkinen,T., Hosoya,M., Keller,C., Kelly,E.J., Kragten-Tabatabaie,L., Martinon-Torres,F., Mascarenas-de Los Santos,A.H., Nunes,M.C., Palomino,M.A., Papenburg,J., Pernica,J.M., Richmond,P., Stein,R.T., Tuffy,K.M., Verwey,C., Esser,M.T., Tabor,D.E., Bont,L.J. 1.0 0.0 0.114 -OQ261752 OQ261752.1 hRSV/A/Austria/MUW1561554/2022 2022-10-27 Europe Austria Homo sapiens 2023-02-19 Redlberger-Fritz et al Redlberger-Fritz,M., Springer,D.N., 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Homo sapiens 2016-01-30 Das et al Das,S.R., Halpin,R.A., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hall,C.B., Tesini,B.L., Schnabel,K.C., Walsh,E.E., Caserta,M. 1.0 1.0 0.996 -OK649745 OK649745.1 OK649745 1990-XX-XX North America USA Homo sapiens 2021-11-07 Wang et al Wang,L., Ng,T.F.F., Castro,C.J., Marine,R.L., Magana,L.C., Esona,M., Peret,T.C.T., Thornburg,N.J. 1.0 1.0 1.0 -JX198167 JX198167.1 JX198167 1993-01-XX North America USA Texas Tx Homo sapiens 2014-03-08 Tapia et al Tapia,L.I., Piedra,P.A. 1.0 1.0 0.214 -JX489450 JX489450.1 BR_CE_303_2002 2002-XX-XX South America Brazil Homo sapiens 2014-09-01 Moura et al Moura,F.E.A., Thomazelli,L.M., Candido,E.D.O., Florencio,C.M.G.D., Pereira,S.A.R., Oliveira,F.M.S., Alves,A.A., Ocadaque,C.J., Durigon,E.L. 0.029 0.721 0.053 -KP862059 KP862059.1 KP862059 2002-12-31 Africa Kenya Kilifi District Homo sapiens 2015-05-19 Agoti et al Agoti,C.N., Otieno,J.R., Ngama,M., 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Cohen,C., Madhi,S.A., Venter,M. 0.0 0.34 0.022 -KP862504 KP862504.1 KP862504 2012-03-23 Africa Kenya Kilifi District Homo sapiens 2015-05-19 Agoti et al Agoti,C.N., Otieno,J.R., Ngama,M., Mwihuri,A.G., Medley,G.F., Cane,P.A., Nokes,D.J. 0.0 0.689 0.043 -MT854111 MT854111.1 ZAM/091/Aug-12 2012-08-16 Africa Zambia Homo sapiens 2020-10-14 Oketch et al Oketch,J.W., Kamau,E., Otieno,J.R., Mwema,A., Lewa,C., Agoti,C.N., Nokes,J.D. 0.0 0.782 0.048 -MT854110 MT854110.1 ZAM/090/Apr-12 2012-04-01 Africa Zambia Homo sapiens 2020-10-14 Oketch et al Oketch,J.W., Kamau,E., Otieno,J.R., Mwema,A., Lewa,C., Agoti,C.N., Nokes,J.D. 0.0 0.782 0.048 -MT854169 MT854169.1 MAL/109/Sep-13 2013-09-03 Africa Mali Homo sapiens 2020-10-14 Oketch et al Oketch,J.W., Kamau,E., Otieno,J.R., Mwema,A., Lewa,C., Agoti,C.N., Nokes,J.D. 0.0 0.785 0.048 -KU950471 KU950471.1 KU950471 2013-08-02 North America USA Homo sapiens 2016-04-06 Das et al Das,S.R., Halpin,R.A., Shilts,M., Puri,V., Akopov,A., Fedorova,N., Stockwell,T., Amedeo,P., Bishop,B., Katzel,D., Schobel,S., Shrivastava,S., Hartert,T. 1.0 1.0 0.999 -MK034826 MK034826.1 U3368 2014-01-13 Asia Malaysia Homo sapiens 2020-12-31 Ng et al Ng,K.T., Oong,X.Y., Hanafi,N.S., Kamarulzaman,A., Sam,I.-C., Chan,Y.F., Tee,K.K. 0.0 0.29 0.018 -KX765888 KX765888.1 KX765888 2014-07-30 Oceania New Zealand Christchurch Homo sapiens 2016-10-01 Shabman et al Shabman,R., Das,S.R., Shilts,M., Fedorova,N., Puri,V., Shrivastava,S., Amedeo,P., Williams,M., Barratt,K., Mitchell,J., Jennings,L. 1.0 1.0 0.995 -KU726063 KU726063.1 KU726063 2014-XX-XX Asia Saudi Arabia Homo sapiens 2016-11-22 Ahmed et al Ahmed,A., Haider,S.H., Parveen,S., Arshad,M., Alsenaidy,H.A., Baaboud,A.O., Mobaireek,K.F., AlSaadi,M.M., Alsenaidy,A.M., Sullender,W., Haider,M.S.H., AlSenaidy,A.M., Sullender,W.M. 0.0 0.318 0.02 -OK664917 OK664917.1 VR/2014/1703 2014-10-31 Africa Senegal Homo sapiens 2022-01-19 Fall A et al Fall A, Elawar F, Hodcroft EB, Jallow MM, Toure CT, Barry MA, Kiori DE, Sy S, Diaw Y, 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RSVB-1971-Jeddah-2017 2017-01-01 Asia Saudi Arabia Homo sapiens 2020-11-18 El-Kafrawy et al El-Kafrawy,S.A., Alshareef,H., Azhar,E.I. 0.0 0.956 0.058 -OK664931 OK664931.1 VR/2017/1193 2017-08-02 Africa Senegal Homo sapiens 2022-01-19 Fall A et al Fall A, Elawar F, Hodcroft EB, Jallow MM, Toure CT, Barry MA, Kiori DE, Sy S, Diaw Y, Goudiaby D, Niang MN, Dia N, Fall,A., Jallow,M.M., Toure,C.T., Kiori,D.E., sy,S., Diaw,Y., Goudiaby,D., Niang,M.N., Dia,N. 0.0 0.421 0.026 -MH447761 MH447761.1 TH/B23640/2017C 2017-08-15 Asia Thailand Homo sapiens 2019-03-13 Thongpan et al Thongpan,I. 0.0 0.322 0.02 -MW675698 MW675698.1 RSVs/Tehran.IRN/B/7.18/47 [BA] 2018-02-14 Asia Iran Homo sapiens 2022-04-27 Salimi et al Salimi,V., Tavakoli,F., Mokhtari-Azad,T., Ghavami,N. 0.0 0.47 0.029 -OQ278563 OQ278563.1 10203032 2020-04-02 North America Canada Homo sapiens 2023-03-05 Wilkins et al Wilkins,D., Langedijk,A.C., Lebbink,R.J., Morehouse,C.A., Abram,M.E., Ahani,B., Aksyuk,A.A., Baraldi,E., Brady,T., Chen,A.T., Chi,H., Choi,E.H., Cohen,R., Danilenko,D.M., Gopalakrishnan,V., Greenough,A., Heikkinen,T., Hosoya,M., Keller,C., Kelly,E.J., Kragten-Tabatabaie,L., Martinon-Torres,F., Mascarenas-de Los Santos,A.H., Nunes,M.C., Palomino,M.A., Papenburg,J., Pernica,J.M., Richmond,P., Stein,R.T., Tuffy,K.M., Verwey,C., Esser,M.T., Tabor,D.E., Bont,L.J. 1.0 0.0 0.114 -OQ278693 OQ278693.1 340103037 2020-02-27 Europe Spain Homo sapiens 2023-03-05 Wilkins et al Wilkins,D., Langedijk,A.C., Lebbink,R.J., Morehouse,C.A., Abram,M.E., Ahani,B., Aksyuk,A.A., Baraldi,E., Brady,T., Chen,A.T., Chi,H., Choi,E.H., Cohen,R., Danilenko,D.M., Gopalakrishnan,V., Greenough,A., Heikkinen,T., Hosoya,M., Keller,C., Kelly,E.J., Kragten-Tabatabaie,L., Martinon-Torres,F., Mascarenas-de Los Santos,A.H., Nunes,M.C., Palomino,M.A., Papenburg,J., Pernica,J.M., Richmond,P., Stein,R.T., Tuffy,K.M., Verwey,C., Esser,M.T., Tabor,D.E., Bont,L.J. 1.0 0.0 0.114 +accession genbank_accession_rev strain date region country division 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